قاد السير أليكس فيرجسون فريقه للفوز في كأس أبطال الكؤوس الأوروبية في عام 91/1990- بعد ثلاثين عاما من إطلاق الاتحاد الأوروبي لكرة القدم للمسابقة. وقد كان هذا الفوز الأول لمانشستر والثاني للسير أليكس فيرجسون إذ سبق له الفوز بهذا الكأس مع أبردين في عام 1983 بعد النتيجة غير المتوقعة التي أحرزها بفوزه على ريال مدريد 2-1. وكانت بداية مشاركات المانشستر في المسابقة في 64/1963، بعد أن استوفى الشروط للدخول في 1963- وفوزهم بالكأس المحلية الكبرى (كأس إنجلترا). وقد تجاوز الفريق فريق وليام الثاني، بهزيمته الفريق الهولندي 7-2 بالمجموع. وتغلب على توتنهام 4-3 في مباراتي الذهاب والإياب في منافسة انجليزية خالصة قبل أن يتلقى خسارة بالمجموع 6-4 أمام سبورتنغ لشبونة. وطال انتظار مانشستر حتى 1977 ليفوزوا بكأس إنجلترا ويحظوا بمحاولة أخرى للفوز بكأس الكؤوس. وفاز فريق دايف ساكستون على سانت ايتيان 2-0 على ملعب بلايموث أرجيل- وأمر الاتحاد الأوروبي لكرة القدم مانشستر بأن تكون مباراة الذهاب في منطقة تبعد 200 كلم عن مانشستر بعد مشكلة الاكتظاظ بعد التعادل 1-1 في فرنسا. وبعد بلايموث توجه الفريق إلى البرتغال حيث تلقى خسارة ثقيلة خارج أرضه 4-0 على يد بورتو البرتغالي وعاد في المباراة الثانية ليفوز 5-2 ولكن خسر في المجموع 6-5. سبق لرون أتكنسون الفوز بكأس انجلترا مرتين خلال فترة إدارته للمانشستر ولكنه حظي بفرصة واحدة للمنافسة على الكأس- وكانت كل الفرق الانجليزية ممنوعة من المشاركة في أي منافسات أوروبية عام 1985 إثر كارثة إستاد هيزل في موسم 84/1983. وقاد رون أتكنسون الفريق خلال حملة متقلبة بعد فوزه خارج أرضة على دولكا براغ وفوزه 4-1 على سبارتاك فارنا ومباراة ربع نهائي أسطورية أمام برشلونة الاسباني، والذي ضم مارادونا قادمين بعد تقدمهم في مباراة الذهاب بنتيجة هدفين للاشيء، ولكن الهدفين اللذان سجلهما بريان روبسون وهدف فرانك ستابلتون أرجعهم إلى ديارهم بخسارة ثقيلة على ملعب أولد ترافورد. ولكن كانت الأوضاع معاكسة تماما، إذ أثر غياب روبسون بداعي الإصابة وتعادل المانشستر 1-1 في الذهاب قبل أن يخسر في مباراة الإياب 2-1 أمام يوفنتوس. وكان المانشستر بإدارة اليكس فيرجسون عندما لعب أول مباراة أوروبية بعد رفع الحظر عن الأندية الانجليزية في 1990. وفاز على بيسكي منكاس 2-0 في مانشستر و 1-0 في هنغاريا، ليمهّد الطريق أمام مباراة بريطانية خالصة أمام حاملي الكأس الاسكتلندي ريكسهام. ومرة أخرى حافظ المانشستر على مرماه نظيفا في المباراتين بعد أن فوزه 3-0 في الذهاب و 2-0. وتلقى المانشستر هدفا وحيدا من مونبليير ولكنه حافظ على الفوز 3-1 بالمجموع قبل أن يهزم وارسو 4-2 في مباراتي الذهاب والعودة في نصف النهائي. وكان هيوز بطل النهائي في 1991 إذ أحرز هدفين في الدقيقة 68 و 75 في مرمى فريقه السابق برشلونة. وقلص كولمان الفارق بتسجيله هدفا ولكن من دون جدوى إذ فاز مانشستر بكأس الكؤوس في محاولتهم الرابعة. والأخيرة. إذ أن فوزهم ببطولة كأس انجلترا في الأعوام 1994 و1996 و1999 قد تم التغاضي عنه لفوزهم ببطولة الدوري وبالتالي تأهلهم إلى دوري الأبطال قبل أن تلغي الويفا المنافسة في عام 1999.